После захвата немцами Крита британский флот потерял контроль и над Восточным Средиземноморьем, если не считать юго-восточного угла вокруг Александрии. Были перерезаны пути следования конвоев из Александрии на Мальту, резко возросла угроза Египту и Суэцкому каналу со стороны вражеской авиации. Возникла реальная угроза новой катастрофы для англичан. Однако в игру вмешались другие факторы, и общий баланс немного выровнялся. Даже исполинская военная машина Германии имела все-таки ограниченные возможности. Если бы Гитлер бросил все силы своей авиации на Средиземное море, это имело бы роковые последствия для англичан на Среднем Востоке. Однако он в это время уже готовился к выполнению плана «Барбаросса» — вторжению в Россию. Все усилия Германии были подчинены этой задаче.
В результате силы Люфтваффе на Средиземноморском театре резко сократились. На русский фронт были отправлены VIII авиакорпус и даже часть сил X авиакорпуса. На Средиземном море остались 5 бомбардировочных эскадр, 3 эскадры пикировщиков, 2 эскадры истребителей, 1 эскадра тяжелых истребителей, 2 эскадрильи дальних разведчиков и 3 эскадрильи ближних разведчиков — всего 315 самолетов. Эти силы были распылены по множеству аэродромов в Греции, на Крите, Додеканезских островах, в Ливии. Германской авиации приходилось действовать с предельным напряжением сил, что вело к износу машин, и в распоряжении командования осталось не более 200 исправных самолетов.
По соглашению между германскими и итальянскими ВВС немцы должны были бомбить Александрию, Каир и Суэцкий канал. Если бы они имели возможность сосредоточить для этого все силы, у англичан возникли бы серьезные проблемы с доставкой снабжения для Армии Нила через Суэцкий канал. Это могло полностью изменить результат боев на суше. Однако из штаба Африканского Корпуса приходили настоятельные требования от генерала Роммеля, который стремился начать вторжение в Египет как можно раньше. Поэтому он требовал помешать доставке снабжения в осажденный Тобрук, а также уничтожить укрепления этой крепости. Роммель намеревался взять эту крепость к началу осени. От X авиакорпуса потребовали слишком много. Он был вынужден раздробить свои силы и в результате не решил полностью ни одной задачи.
Постоянные воздушные налеты на Александрию, Порт-Саид и Суэц вместе с крупными минными постановками в Суэцком канале вызвали серьезные задержки при разгрузке судов в Суэце. Однако перевозка снабжения и подкреплений для Армии Нила не прерывалась ни па один день. Функционирование военно-морской базы и Александрии осложнилось, но тоже не прекратилось. Хотя при доставке снабжения в Тобрук англичане потеряли 25 кораблей и транспортов — в том числе 1 быстроходный минный заградитель, 2 эсминца и 3 шлюпа, — а еще 9 кораблей были серьезно повреждены, движение на этом маршруте не остановилось. Немцы также не сумели серьезно ослабить оборону Тобрука.
Более важным следствием перенапряжения сил X авиакорпуса было прекращение бомбардировок Мальты.
Пока на остров сыпался град бомб, уничтожающий аэродромные сооружения, взлетные полосы, мастерские, самолеты, стоящие на земле, — ударная мощь Мальты как воздушной базы была сведена практически к нулю. Единственным серьезным успехом мальтийской ударной авиации в начале 1941 года стало потопление торпедоносцами «Суордфиш» 3 транспортов водоизмещением 15796 тонн. «Веллингтоны» 148-й эскадрильи совершали беспокоящие ночные налеты на порты Италии и Северной Африки, затрудняя погрузку и разгрузку транспортов, даже повредили несколько судов, но не сумели потопить ни одного. В тяжелейших условиях той поры, даже если бы на острове имелись дополнительные бомбардировочные эскадрильи, обслуживать их было невозможно. В начале марта эскадрилья «Веллингтонов» была отправлена в Египет, так как аэродром Хал Фар подвергался сильным бомбардировкам. В апреле она вернулась, чтобы провести несколько ночных налетов на Триполи. Однако, когда в конце апреля прилетели 6 «Бленхеймов», которые планировалось использовать для дневных торпедных атак против итальянских конвоев, «Веллингтоны» пришлось отправить обратно в Египет.
Недолгая, но потрясающая деятельность флотилии эсминцев капитана 1 ранга Мака была упомянута ранее. Ее преемниками стали крейсер «Глостер» и 5-я флотилия эсминцев лорда Маунтбеттена. Однако они не успели ничего сделать, так как началась битва за Крит, и эти корабли были отозваны с Мальты. Таким образом, Мальта сыграла не слишком большую роль в нарушении вражеских коммуникаций. Все ограничивалось действиями подводных лодок, базирующихся на острове или заходящих на Мальту для пополнения припасов. Это были старые лодки типов «Р» и «R», слишком большие и неуклюжие для действий в мелководных районах возле побережья Туниса. Они охотились у берегов Италии. Начали действовать на итальянских коммуникациях и новые лодки типа «Т». Все они базировались на Александрию.
Сначала мальтийская флотилия подводных лодок состояла из 3 маленьких лодок типа «U», которые прибыли в декабре 1940 года. Вскоре к ним присоединились еще 3 такие же лодки. Небольшие размеры и высокая маневренность лодок типа «U» делали их особенно подходящими для операций на прибрежных маршрутах от мыса Бон до Триполи.
Прежде всего требовалось обнаружить уязвимые точки на маршрутах следования конвоев. Походы лодок «Апрайт» и «Юник» в декабре и январе к банке Керкенна, которая лежит мористее порта Сфакс и помечена множеством навигационных буев, показали, что через этот район проходят все конвои, следующие в Триполи. Именно здесь мальтийские лодки добились первого серьезного успеха при помощи самолетов, базирующихся на острове.